1.Về phần mở đầu:
Bổ sung tiêu đề cho phần mở đầu là "Những vấn đề cơ bản về Đoàn TNCS Hồ Chí Minh", vì phần này đề cập những vấn đề hết sức cơ bản, quan trọng về xây dựng Đoàn, nếu không có tiêu đề sẽ bị dễ hiểu như phần giới thiệu về Điều lệ Đoàn.
2. Các vấn đề về Đoàn viên:
- Để phù hợp với quy định của Luật Thanh niên, Điều lệ Đoàn khoá IX quy định độ tuổi xét kết nạp đoàn viên từ 16 đến 30 tuổi. - Bổ sung khoản 5 vào điều 4 như sau: “ Việc quản lý đoàn viên đi lao động ở xa, thời gian không ổn định thực hiện theo hướng dẫn của Ban Thường vụ Trung ương Đoàn". Việc bổ sung này nhằm tăng cường công tác Đoàn kết, tập hợp thanh niên, phát huy và bảo vệ lợi ích chính đáng cho đoàn viên thanh niên trước xu thế dịch chuyển cơ cấu kinh tế, sự chuyển dịch cơ học lực lượng lao động - Nhằm nâng cao hơn nữa vai trò đoàn viên trong công tác xây dựng Đoàn, bổ sung nhiệm vụ của đoàn viên là " tích cực tuyên truyền về tổ chức đoàn" vào khoản 2 điều 2.
3. Về bổ sung uỷ viên BCH Đoàn các cấp:
Do đặc thù của một số địa bàn, lĩnh vực có sự luân chuyển cán bộ nhanh nên Điều lệ Đoàn khoá IX đã giao cho BTV Trung ương Đoàn hướng dẫn về số lượng bổ sung uỷ viên BCH Đoàn trong các trường hợp đặt biệt. Cụ thể, điểm 1, khoản 3, điều 10 bổ sung như sau: “…số lượng bổ sung trong cả nhiệm kỳ không quá 2/3 số lượng UVBCH do Đại hội quyết định, trường hợp đặt biệt theo hướng đẫn của BTV Trung ương Đoàn…"
4. Về Hội nghị BCH Đoàn các cấp:
Nhằm tạo sự chủ động, linh hoạt cho BCH Đoàn các cấp trong việc tổ chức các kỳ họp, khoản 1, điều 11 sửa đổi như sau: “ BCH Trung ương Đoàn, BCH Tỉnh đoàn và tương đương một năm họp ít nhất hai kỳ. BCH Huyện đoàn và tương đương một năm họp ít nhất bốn kỳ. BCH Đoàn chi đoàn và Đoàn cơ sở mỗi tháng ít nhất họp một kỳ, ở những nơi đặc thù do BTV Trung uơng Đoàn hướng dẫn".
5. Về xoá tên, cho rút tên và thôi tham gia BCH Đoàn các cấp:
Để đảm bảo đúng các nguyên tắc, quy trình của công tác cán bộ, Điều lệ Đoàn khoá IX sửa đổi, bổ sung và diễn đạt lại cho ngắn gọn, lô gích hơn các khoản 2,3,4 của điều 11. Theo đó, chuyển phần đầu của khoản 4 lên khoản 2, chuyển phần cuối của khoản 4 lên khoản 3 và sửa đổi bổ sung như sau: " Uỷ viên BCH không tham gia sinh hoạt 3 kỳ liên tục trong nhiệm kỳ mà không có lý do chính đáng thì xoá tên trong BCH. Việc xoá tên do BCH cùng cấp quyết định và báo cáo lên Đoàn cấp trên trực tiếp". " Uỷ viên BCH chuyển khỏi công tác Đoàn thì thối tham gia BCH và cho rút tên khỏi danh sách BCH. Việc cho rút tên được thực hiện trong kỳ họp BCH gần nhất. Đối với Bí thư, Phó Bí thư, trước khi tiến hành Hội nghị cho rút tên, phải có sự thống nhất của cấp uỷ đảng và Đoàn cấp trên trực tiếp. Đối với Uỷ viên BCH TW Đoàn do BCH TW Đoàn quyết định”.
6. Việc bầu trực tiếp Bí thư Đoàn tại Đại hội Đoàn các cấp:
Nhằm đổi mới phương thức bầu cử, nâng cao chất lượng đội ngũ cán bộ Đoàn, sức chiến đấu và năng lực lãnh đạo của người đứng đầu gắn liền với việc thực hiện nguyên tắc lãnh đạo của Đảng đối với công tác cán bộ Đoàn trên tinh thần tôn trọng và phát huy quyền và nghĩa vụ của người Đoàn viên trong việc lựa chọn cán bộ lãnh đạo cho tổ chức mình, phát huy không khí dân chủ cao trong Đại hội Đoàn các cấp. Thực hiện quan điểm lãnh đạo của Ban Bí thư Trung ương Đảng khoá X tại Thông báo số 109-TB/TW thông báo kết luận của Ban Bí thư Trung ương Đảng về việc tổ chức Đại hội lần thứ IX Đoàn TNCS Hồ Chí Minh đã chỉ rõ "…Cần cân nhắc, thảo luận kỹ và cho phép làm thí điểm để rút kinh nghiệm. Khi tổng kết thực tiễn việc thí điểm, nếu thực sự tốt thì mới tính đến việc đưa vào Điều lệ Đoàn". Điều lệ Đoàn khoá IX bổ sung khoản 4 vào điều 12 như sau: " Việc bầu trực tiếp Bí thư tại Đại hội Đoàn các cấp thực hiện theo hướng dẫn của BTV TW Đoàn".
7. Về chức năng giám sát của Đoàn:
Giám sát là chức năng lãnh đạo quan trọng, vì vậy Điều lệ Đoàn khoá IX bổ sung khoản 4 vào điều 25 quy định chức năng giám sát và giao nhiệm vụ giám sát cho Uỷ ban kiểm tra các cấp của Đoàn như sau: " giám sát UVBCH, cán bộ cùng cấp và tổ chức Đoàn cấp dưới trong việc thực hiện chủ trương, nghị quyết, quy định của Đoàn theo huớng dẫn của BTV TW Đoàn"
8. Về Đoàn với Đội TNTP Hồ Chí Minh:
Một trong những nhiệm vụ cơ bản của Đoàn là phụ trách Đội Thiếu niên tiền phong Hồ Chí Minh. Để khẳng định tình cảm và trách nhiệm của Đoàn đối với Đội, Điều lệ Đoàn khoá IX sửa đổi, bổ sung tiêu đề chương IX như sau: “ Đoàn phụ trách Đội Thiếu niên tiền phong Hồ Chí Minh" .